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연말정산 누락 공제, 종합소득세 신고로 되찾는 방법 총정리

by 클레어글로리 2025. 5. 5.

    [ 목차 ]

종합소득세 신고 시즌, 환급 기회와 가산세 방지까지 알아두어야 할 포인트 총정리

 

매년 5월은 국세청과 납세자 모두에게 중요한 시기이다. 근로자 외에도 프리랜서, 자영업자, 부동산 임대소득자 등 종합소득이 발생한 이들은 이 시기에 ‘종합소득세 확정 신고’를 해야 하며, 이는 단순히 세금을 더 내는 절차가 아니라, 환급을 받을 수 있는 마지막 기회이기도 하다. 특히 연말정산에서 놓친 공제 항목이 있다면 이 시기를 활용하여 반드시 챙겨야 한다.

 

연말정산 누락 공제, 종합소득세 신고로 되찾는 방법 총정리

 

1. 연말정산 vs 종합소득세 신고: 개념부터 정리하자

먼저 연말정산과 종합소득세 신고의 차이를 명확히 이해할 필요가 있다.

- 연말정산은 회사가 근로소득에 대해 1년 동안 미리 낸 세금을 정산하는 절차로, 보통 1~2월에 진행된다. 대상은 근로소득자이다.

- 종합소득세 신고는 근로소득 외에도 사업소득, 임대소득, 이자·배당·기타소득 등을 합산해 세액을 산출하고 신고하는 것으로, 개인사업자, 프리랜서, 투잡러 등이 주 대상이다. 신고는 매년 5월 1일부터 5월 31일까지 한 달간 진행된다.

중요한 점은, 연말정산에서 누락한 소득공제나 세액공제를 종합소득세 신고 시 다시 신청할 수 있다는 점이다. 근로소득만 있는 경우라도, 연말정산을 놓쳤거나 누락된 공제가 있다면, 경정청구 또는 종합소득세 신고를 통해 정정이 가능하다.

 

 

 

2. 놓친 공제 있다면 종합소득세 신고로 다시 챙기자

 

■ 종합소득세 신고 시 추가로 적용 가능한 주요 공제 항목

연말정산 때 놓쳤을 수 있는 공제 항목 중, 종합소득세 신고 시 활용 가능한 항목은 다음과 같다.

공제 구분 세부 내용
의료비 공제 병원 영수증 누락 시, 국세청 홈택스에서 조회해 반영 가능
교육비 공제 자녀 학원비, 본인 대학원 수강료 등을 연말정산에서 누락한 경우
기부금 공제 연말정산 때 간소화 자료 누락된 기부금 명세 제출 가능
신용카드 공제 국세청 간소화 자료와 다르게 수집된 사용액이 있을 경우 추가 반영 가능
주택자금 공제 주택청약, 전세대출 이자상환액 등을 새로 반영 가능

 

특히 국세청 홈택스에서는 '편리한 연말정산' 서비스 외에도 '소득·세액공제 신고서 작성' 기능을 통해 누락된 공제를 직접 추가할 수 있는 창구를 제공하고 있다.

 

 

 

3. 종합소득세 환급도 가능하다…2025년 6월 말까지 지급 예정


종합소득세 신고를 한다고 해서 무조건 세금을 더 내야 하는 것은 아니다. 오히려 과세표준 계산 결과 환급이 발생하는 경우도 많다.

국세청에 따르면 2024년 귀속 종합소득세를 신고해야 하는 인원은 약 454만 명으로 추산되며, 이들 중 일부는 연말정산 당시 소득공제를 빠뜨려 세금을 과도하게 낸 상태일 수 있다.

이런 경우 2025년 5월 중 종합소득세를 정정 신고하면 환급 대상이 될 수 있다.

환급 대상자에게는 2025년 6월 말까지 환급금이 지급되며, 이는 국세청의 환급계좌에 따라 자동 이체된다. 환급일정은 홈택스 또는 손택스를 통해 조회할 수 있으며, ‘마이홈택스 > 환급금 조회’ 메뉴에서 확인 가능하다.

 

 

4. 반대로, 과다 공제·감면으로 세금을 적게 냈다면?

놓친 공제뿐 아니라, 반대로 연말정산 당시 과도하게 공제를 받았거나 감면을 과하게 적용받은 경우도 있다. 이런 경우, 정정 신고를 하지 않으면 가산세가 부과될 수 있으므로 반드시 확인하고 자진 신고해야 한다.

 

가산세란 무엇인가?

가산세는 ‘정당한 사유 없이’ 세액을 덜 신고하거나 납부하지 않은 경우, 부과되는 벌과금이다. 유형은 다음과 같다.

 

- 과소신고가산세: 누락 금액의 최대 20%까지 부과

- 납부불성실가산세: 납부 지연 일수에 따라 하루당 0.022% 부과

- 부당공제·감면: 허위 사실이 적발될 경우 최대 40%까지 가산세 부과 가능

 

따라서, 연말정산 당시 ‘사실과 다른 부양가족 등록’, ‘허위 기부금 내역’ 등을 기재했다면 반드시 5월 종합소득세 신고 기간 내 자진 정정 신고를 해야 가산세를 피할 수 있다.

 

 

 

5. 종합소득세 신고 방법: 홈택스로 간편하게

종합소득세는 홈택스 또는 손택스 앱을 통해 간편하게 신고할 수 있으며, 국세청에서는 ‘모두채움 신고서’ 및 ‘간편 신고’ 서비스를 운영하고 있다. 모두채움이란, 국세청이 미리 신고서를 작성해주는 방식으로, 수입 자료가 정확히 파악된 사업자나 프리랜서에 제공된다.

 

신고 절차 간단 정리


1) 홈택스 접속 → 로그인

www.hometax.go.kr

2) ‘신고/납부’ 메뉴 → ‘종합소득세’ 클릭

3) ‘정기신고 작성’ 또는 ‘모두채움 신고서 확인’

4) 누락된 공제 항목 수동 입력 또는 자동 불러오기

5) 신고서 제출 및 납부(또는 환급계좌 입력)

납부세액이 발생한 경우에는 카드 납부, 계좌이체, 간편결제(카카오페이 등)도 가능하며, 분할 납부도 신청할 수 있다. 분할 납부는 최대 2개월 분할로 가능하다.

 

 

6. 종합소득세 신고 대상 확인은 이렇게

종합소득세 신고 대상은 아래 조건 중 하나라도 해당하면 반드시 신고해야 한다.

- 프리랜서(3.3%)로 1건 이상 지급받은 경우

- 개인사업자로 사업소득이 발생한 경우

- 부동산 임대소득이 있는 경우

- 해외 소득이 있는 경우

- 기타소득(원고료, 강의료 등) 300만 원 초과 시

근로소득만 있는 경우에는 연말정산으로 납세 의무가 끝나지만, 근로소득 외 추가 소득이 있는 이들은 반드시 신고 대상에 해당하므로 주의해야 한다.

 

 

 

7. 신고 마감일은 5월 31일, 늦지 않게 챙기자

종합소득세 신고 마감일은 5월 31일(금)이며, 주말 및 공휴일은 신고 접수가 되지 않으므로 미리 대비하는 것이 중요하다. 특히 환급이 예상되는 경우, 조기 신고하면 그만큼 환급도 빠르게 받을 수 있다.

 

 

 

‘정산’은 끝날 때까지 끝난 것이 아니다

연말정산은 연초에 끝났다고 생각하기 쉽지만, 정말로 ‘정산’이 끝나는 시점은 종합소득세 신고가 완료되는 5월 말이라 할 수 있다. 이 시기를 통해 누락된 공제를 다시 신청하고, 혹시나 과다공제나 탈루 부분이 있었다면 자진 정정함으로써 환급 기회도 챙기고, 가산세 위험도 피할 수 있다.

국세청 홈택스, 손택스를 적극 활용하고, 궁금한 사항은 세무서 상담 또는 국번 없이 126번 국세상담센터를 통해 문의하자. 바쁘더라도 한 번의 확인과 신고가 수십만 원의 환급으로 돌아올 수 있음을 잊지 말아야 한다.

 

연말정산에서 일부 공제 항목을 빠뜨렸거나 누락한 경우라도, 5월 종합소득세 신고 기간에 이를 보완하여 다시 신청할 수 있다. 예를 들어 의료비, 교육비, 기부금, 주택자금 관련 공제를 연말정산 때 반영하지 못한 경우, 종합소득세 신고서를 작성하면서 새롭게 반영함으로써 절세 효과를 누릴 수 있다.

 

이렇게 종합소득세 신고를 통해 공제 누락을 바로잡으면 환급이 발생할 수 있으며, 국세청은 환급 대상자에게 2025년 6월 말까지 환급금을 지급할 예정이다. 환급 여부는 홈택스 또는 손택스(모바일 앱)를 통해 조회할 수 있으며, '마이홈택스 > 환급금 조회' 메뉴에서 자신의 환급 진행 상황을 직접 확인할 수 있다.

 

반대로 연말정산 또는 이전 신고 과정에서 공제를 과도하게 적용하거나 감면을 부정확하게 기재한 경우에는, 자진해서 정정 신고를 해야 가산세 부과를 피할 수 있다. 정정 신고 없이 그대로 두게 되면, 국세청 조사나 경정청구 과정에서 세금 추징과 함께 가산세가 부과될 수 있기 때문이다. 따라서 잘못된 공제 적용 사실을 인지했다면, 반드시 종합소득세 신고 기간 내 자진 정정 신고를 해야 한다.

 

이번 종합소득세 신고의 마감일은 2025년 5월 31일 금요일이다. 주말 및 공휴일에는 접수가 불가능하므로 신고를 미루지 말고 가능한 한 조기에 신고를 완료하는 것이 바람직하다. 홈택스와 손택스 등 비대면 전자신고 시스템을 활용하면 간편하게 신고할 수 있으므로, 시간 여유가 있을 때 미리 준비해두는 것이 좋다.